Отделение Инженерной защиты окружающей среды (ИЗОС) было образовано на базе кафедры Экологических основ природопользования (ЭОП), образованной в 1988 г. в составе Гидротехнического факультета как общеинститутская кафедра, осуществляющая базовую экологическую подготовку студентов-политехников на общеобразовательном уровне.

Ядром новой кафедры стала группа сотрудников кафедры ВИЭГ (ИВЭ) во главе с бывшим в то время деканом факультета, а ныне ректором СПбГПУ, член-корреспондентом РАН, профессором, д.т.н. М.П.Федоровым и профессором кафедры МВТС (ШВТС) - ныне деканом факультета профессором А.И.Альхименко. В состав кафедры вошла группа сотрудников активно работавшая в рамках Комплексной научно-технической программы Минвуза РФ "Человек и окружающая среда", в том числе и в области экологического образования в системе высшей школы.

Разворачивая свою деятельность по созданию в вузе единой системы непрерывного экологического образования и опираясь на опыт, уже накопленный в этой области на некоторых факультетах, кафедра ЭОП на первом этапе своего существования начала реализовывать основные положения Международной стратегии экологического образования, принятой в 1987 г. на проходившем в Москве Международном конгрессе по образованию в области окружающей среды, рассматривая организацию экологической подготовки в техническом университете как новую форму соединения инженерного и экологического образования.

Определив основные направления своей деятельности по формированию у студентов экологических знаний, умений и навыков в соответствии с принятой Госкомвузом СССР Концепцией образования в области охраны окружающей среды и впервые разработанным в 1986 г. для всех специальностей ЛПИ Комплексным планом-программой непрерывной экологической подготовки, кафедра приступила к решению этой задачи сначала на ГТФ, ЭлМФ и ЭнМФ, а затем на ФТИМ, ФЭМ, ФТК, РФФ, ОФАВТиРЭ, ВФТАП и ФППКПВ, обеспечив на этих факультетах чтение лекций и проведение практических занятий по базовому курсу основ инженерной экологии.

Опираясь на исторический опыт в организации природоохранной деятельности, таких учёных факультета как профессора: Ю.С.Васильев, Н.В.Зарубаев, П.Л.Иванов, М.А.Михалев, Г.В.Симаков, М.П.Федоров, - много сделавших для повышения эффективности и внедрения природоохранных исследований, коллектив кафедры приступил к разработке новых учебных планов и программ по современным инженерным и магистерским специальностям в вузе.

С 1990 г. кафедра начала осуществлять экологическую подготовку студентов по специальностям "Гидротехническое строительство" и "Гидромелиорация" со специализацией "Инженерная экология и охрана природы", готовя специалистов, способных решать экологические задачи самого разного масштаба, руководствуясь логикой решения экологических проблем и исходя из концепции устойчивого развития, провозглашенной в Рио-де-Жанейро в 1992 г., способных создавать новые экологически безопасные технологии и устойчивые природно-технические системы.

Новые задачи и обязанности выпускающей кафедры потребовали значительного расширения и укрепления профессорско-преподавательского состава, который за пять лет увеличился вдвое, пополнившись специалистами разного профиля, начавшими преподавать по разработанным и утвержденным учебным планам новые экологические и природоохранные дисциплины, такие как "Основы рационального природопользования", "Инженерные методы охраны природы", "Мониторинг окружающей среды", "Моделирование в экологии", "Экономика природопользования" и др.

В 1993 г. через пять лет после создания кафедры ЭОП ее штат насчитывал уже 11 преподавателей, среди которых было 4 профессора, докторов наук и 5 доцентов, кандидатов наук.

Ряд сотрудников кафедры ЭОП был избран в различные академии - так, например, зав.кафедрой М.П.Федоров стал членом-корреспондентом Российской Академии Наук (РАН), членом Президиума Международной Академии Наук Высшей Школы и членом Инженерной Академии; бывший ранее зам.зав.кафедрой И.А.Заир-Бек и Н.Н.Ролле стали членами-корреспондентами Международной Академии Наук Экологии и Безопасности жизнедеятельности.

Активно участвуя в учебном процессе, они вместе с другими сотрудниками кафедры подготовили ряд учебных и методических пособий, таких как "Экология для гидротехников", "Экологический инжиниринг в гидротехнике", "Активные методы экологического образования" и другие, которые широко используются как на Инженерно-строительном, так и на других факультетах СПбГПУ, а также в ряде других вузов.